做筆記可能會有的困境，就是學生們會用自己當下認為合理的方式去處理筆記，例如將他覺得有意義的句子畫成重點，不然就是寫摘要在書本的空白處，或是抄錄整段文字在筆記本裡。但這些句子、段落，真的是重點嗎？有很多人都忘記，一些特定的想法，只能存在於某些特定的脈絡之中，放在其他的脈絡裡來論述，便顯得不合適，也沒有說服力。
而卡片盒筆記很關鍵的原因，是當你沒有資料庫的分類來存取筆記時，就會有一大堆的未完成的計畫，並且會不知道要去哪裡找資料，因為筆記散落在各處。所以他提出卡片盒筆記法，幫助大家很快速找到筆記，並且發現哪些筆記之間有很大的關聯性。而如果你已經看不懂自己在這個筆記上到底是寫了什麼，或者是你看得懂其中的字，卻不知道這個筆記之後背後所代表的涵義時，這個就不是一個優良的筆記。
因此作者建議，我們在做筆記的時候要同時非常精簡，也要能知道這個筆記是處在怎麼樣的上下文的脈絡之中。然後在寫作的過程中，透過這個卡片盒筆記的方式，把過往的經驗整合到一篇論文中。而如此的整合並不是一個巧合，而是經過很多次的成功跟失敗得到的反饋，而累積出的深度學習。相比起填鴨式的方式，深度學習的狀態，讓我們能夠容易記住自己所了解的事情。正是因為我們了解自己紀錄筆記的動機，以及確認自己理解這些筆記，我們才有辦法把這些筆記跟其他論點做連結。否則，就只是會變成一個「想法的大雜燴」，彼此段落之間沒有一個前後連貫的見解。
有個概念是「沒有計畫的寫作，就是無意義的亂寫。」但作者並不認同這樣的想法。他認為寫作的時候，我們真正需要的不是計畫，而是寫作流程，並讓洞見自由、自然的浮現在寫作流程中。我們可以把寫作的過程，本來是從「上而下」擬出大，再開始寫作，變成是「從下而上」找可以證明的事實證據，而是相關的，所有資料都收集起來。不論他們有沒有支持你的論點。作者認為，寫作不是一個「由上到下」的線性的過程，而是反覆在不同的工作項目中切換，在切換的過程之中，提取筆記中的想法，判定它的位置，並放到上下文的脈絡之中，形成一個或者多個有意義的論點。也就是說，將筆記草稿轉譯成前後連貫的內容，後來放入論文脈絡之中，成立自己的觀點。甚至在論述中，發現相對應的文獻填補這些論點，甚至改變原本的論點。
那當我們嘗試用自己的話去重新論述出一個或多個的論點的時候，我們在對於這件事情上理解的漏洞，就會在寫作的過程中展露無遺。這個時候，你會發現自己其實並沒有完全瞭解這件事情。如果你無法清楚地說出來某一件事情的概念，你就無法真正的理解。作者拿出物理學家暨諾貝爾獎的主費曼的例子來說，費曼判斷自己有沒有搞懂某樣概念時，他會從自己有沒有辦法講一堂關於它的概論介紹來判定。
他也提到，關於「填鴨式」教育是「既沒有營養，又不好吃，只是方便而已。」它並不會讓學習在學生長期學習的時候，增進學生理解事物的速度，即使它對於學生來說，能夠短期的保有記憶以及活用的能力，但對學生學習的熱情，及學習的理解能力並沒有明顯的幫助。
我認為，卡片盒筆記的概念，很像是去圖書館看到的不同編號的書籍，圖書館會在各個不同的樓層，利用編號分門別類，將社會學、文學、科學等不同領域的書籍分門別類。身為讀者的我們，要去找文學相關的資訊的時候，就可以直接去某一層樓的某一區的某一櫃找到相關的書籍資料。那如果要較全盤的了解這領域的概念時，我們就把這一區的資料都拿出來做參考。而這些資料，對應到名片盒筆記中，就是我們平常做的「精簡的筆記」。
當參考的過程之中，彷彿是我們知道哪一個位置要放上哪一個器官，例如胸腔就要放肺、肚子位置就要放胃，但不只是如此，其實是除了知道要在哪個部分放上特定的器官之外，我們也要很清楚什麼東西可以連結他們，那才會變成真正有效的論點（如同我們體內的神經們，將各個器官連結起來，使得它們彼此之間可以運作，我們的人體才得以動起來、自由的活動）。